La naturalesa de qualsevol Servei d'Intel·ligència està estretament lligada amb el secret i, generalment, les operacions en les quals els Serveis participen solen deixar poques proves o cap.

Malgrat això, el CNI fa un esforç sostingut per recollir objectes d'alt valor simbòlic que permetin il·lustrar diferents episodis de la seva història. En alguns casos, els objectes se expliquen per sí sols. En altres, serveixen per suggerir les operacions o episodis en els que van participar. Els objectes mostrats en aquesta pàgina web pretenen ser una petita mostra per tal que la societat espanyola pugui contemplar el treball que realitza el CNI.

La seguretat de les comunicacions sempre ha sigut un element essencial en el món de la Intel·ligència. L'aparició d'Internet va ser una revolució en aquesta àrea i va portar a la creació del Centre Criptològic Nacional, però, amb anterioritat ja s’utilitzaven nombrosos elements d'encriptació i desencriptatge.

La secció criptològica del museu del Centre Nacional d'Intel·ligència, d'accés restringit, es crea el 2015, amb l'objectiu de donar a conèixer l'evolució dels sistemes de xifra que s'han emprat durant el segle XX per garantir el secret de les comunicacions. En ell s’exposen mètodes d'encriptació manual, emprats en la Guerra Civil espanyola i en la Segona Guerra Mundial, i mètodes mecànics, entre els que destaquen diferents models d'ENIGMA – desenvolupats entre 1927-1932-, la màquina de xifra KRYHA i la seva versió de butxaca, o màquines de marca HAGELIN CRYPTOS dels 50.

La secció operatiu del museu del Centre Nacional d'Intel·ligència, d’accés restringit, es crea en l’any 2015 amb l'objectiu de mostrar l'evolució de la Unitat Operativa. En ell que es pot contemplar dispositius com càmeres de vídeo, càmeres fotogràfiques, equips de comunicacions, equips per a la realització d’inspeccions tècniques de seguretat i diverses eines de treball que s'han emprat al llarg de la història per treballs operatius.

El museu del Centre Nacional d'Intel·ligència té una secció de seguretat, d’accés restringit, que té com objectiu mostrar l'evolució de la Divisió de Seguretat. En ell s’exposen diverses eines usades per la Divisió, responsable de la protecció de les persones i de les instal·lacions del Centre, durant la seva existència.