
La estructura básica del CNI está definida en los Reales Decretos 436/2002, de 10 de mayo y 612/2006, de 19 de mayo, y se ajusta al propósito de obtener una mejor eficacia en el cumplimiento de las misiones que le son encomendadas: Dirección, Secretaría General y Tres Direcciones Técnicas.
Su titular tiene rango de Secretario de Estado Director y es nombrado por Real Decreto a propuesta del Ministro de Defensa. Sus cometidos se establecen en el Art. 9, Ley 11/2002 y el Art. 2, Real Decreto 436/2002.
Su titular tiene rango de Subsecretario, y es nombrado por Real Decreto a propuesta del Ministro de Defensa. Sustituirá al Secretario de Estado Director en los casos de ausencia, vacante o enfermedad. Sus cometidos se establecen en el Art. 10, Ley 11/2002 y el Art. 3, Real decreto 436/2002.
Se trata de tres Direcciones Técnicas, cuyos titulares tienen rango de Director General, bajo la dependencia directa del Secretario General, según establece la Orden DEF/2962/2009, de 2 de noviembre. Son designados conforme a lo previsto en el artículo 9.2.a) de la Ley 11/2002 de 6 de mayo.
Los titulares de las Direcciones Técnicas ejercen funciones en materia de inteligencia, apoyo a la inteligencia, y funciones en materia de recursos.
Incluyen los Gabinetes del Secretario de Estado Director y la Asesoría Jurídica.
El CNI está presente tanto en España como en otros Estados en los que España tiene intereses económicos, políticos o relacionados con la seguridad.
Todo lo relacionado con las actividades del Centro Nacional de Inteligencia, su organización y estructura interna, medios y procedimientos, personal, instalaciones, bases de datos, fuentes de información, así como cualquier información o dato que pueda revelar detalles sobre lo anteriormente mencionado, constituyen información clasificada con el grado de SECRETO, de acuerdo con lo dispuesto en la legislación reguladora de los secretos oficiales y en los Acuerdos internacionales (Art. 5.1. Ley 11/2002).